Laboratorium IPA digunakan untuk praktikum pelajaran Eksak seperti ; Kimia, Fisika dan Biologi. Terdapat peralatan praktikum yang cukup lengkap dan disediakan jas lab bagi para siswa-siswinya. Praktikum yang biasa dilakukan seperti ; Uji Golongan Darah, Uji Asam Basa, Elsatisitas, Bedah Hewan, dsb. Tidak hanya program IPA yang dapat menggunakan Lab ini, namun Juga Program Studi IPS. Karena di SMA PRAMITA Mata pelajaran Lintas Minat untuk IPS adalah Biologi
